Протоколы IP4 и IP6 будут работать параллельно, и это не проблема. В нашей сети хоть и действует IP4, но в то же самое время можно запустить и IP6, только он нафиг не нужен для такой сети.
Проблема в том что двух узлов работающих в связке, соблюдалось логическое И. Устройства не будут работать если у одного Ip6, а у другого ip4. А если у одного устройства ip6 и ip4, а у другого ip4, то все будет работать.
Проблемы провайдеров в том что надо задвоить все сетевые устройства на ip4, ip6.
Вообще проблема конечно очень серьезная, но решаемая.
Так что интернету из за смены протокола ничего не грозит.
Что такое протокол TCP/IP:
http://ru.wikipedia.org/wiki/TCP/IP.